Jedným z bežne používaných fumigantov na kontrolu ovocných mušiek je metylbromid. Avšak kvôli jeho potenciálu poškodzovať ozónovú vrstvu sa čoraz častejšie používajú alternatívy, ako je fluorid síry a fosfín. Tieto fumiganty sú vysoko účinné pri ničení ovocných mušiek a môžu sa dostať aj do oblastí, ktoré môžu byť ťažko dostupné inými metódami kontroly škodcov.
Fumigácia je špecializovaný proces a vyžaduje si riadne školenie a bezpečnostné opatrenia. Mali by ho vykonávať iba vyškolení odborníci na kontrolu škodcov, ktorí rozumejú rizikám spojeným s fumigantmi a majú potrebné bezpečnostné vybavenie. Okrem toho musí byť miesto, ktoré sa má fumigovať, účinne utesniť, aby sa zabránilo úniku fumigantov, a musia sa prijať primerané opatrenia na zaistenie bezpečnosti obyvateľov v blízkych oblastiach.
Je dôležité poznamenať, že hoci fumigácia môže byť účinná pri ničení ovocných mušiek, mala by sa používať ako súčasť stratégie integrovanej ochrany proti škodcom (IPM), ktorá môže zahŕňať iné metódy, ako je vylúčenie, sanitácia a kultúrne kontroly, aby sa dosiahli dlhodobé dlhodobé výsledky a minimalizovanie závislosti na chemickom ošetrení.