Zakrpatené japonské javory majú vo všeobecnosti plytký koreňový systém. Korene väčšiny trpasličích odrôd budú rásť len do hĺbky asi 12 až 24 palcov, hoci sa môžu rozšíriť až na 2 až 3-násobok svojej výšky. Vďaka tomu sú vhodné na pestovanie v nádobách alebo výsadbu v malých záhradných priestoroch.